多肽在绝大多数情况下是室温下运输，因为在密闭的小瓶中以冻干粉的形式高度稳定。但是多肽不应长时间保存在溶液中。
多肽储存指南：对于长期储存，多肽应以-20°C，或优选-80°C的冻干形式与干燥剂一起储存在密封容器中，以尽量减少多肽的降解。在这些条件下，多肽可以储存长达数年。这种类型的储存方式可防止细菌降解、氧化和二级结构的形成。
打开包装：在打开和称重之前，最好在干燥器中将多肽平衡至室温。没有这么做的话，会导致瓶子打开时形成冷凝（肽易于吸湿），这将降低肽的稳定性。
在溶解之前，将小瓶中的冻干肽以12,000×g离心20秒。这将有助于沉淀整个多肽样品以进行溶解。
多肽称重：快速称量所需量的多肽，并将所有未使用的多肽储存在-20°C或更低温度下，或者在多肽合成完成后进行分装。含有半胱氨酸，蛋氨酸，色氨酸，天冬酰胺，谷氨酰胺和N-末端谷氨酸的序列比其他多肽具有更短的保质期。
